Семигодинну війну програно. Земля здалася. Інцидент у «Блек-Месі» — це далекий спогад. Гравець знову бере в руки ломик вченого-дослідника Ґордона Фрімена, який опиняється на переповненій прибульцями Землі, де стрімко закінчуються ресурси і вироджується населення. Фрімен змушений зіграти роль рятівника людства від того зла, яке він випустив на свободу в «Блек-Месі». І дуже багато дорогих йому людей покладають на нього великі сподівання.